Tras el gran recibimiento dispensado por los Reyes Católicos a Cristóbal Colón en Barcelona, dispusieron que inmediatamente comenzara a preparar la segunda expedición a las Indias. La noticia del Descubrimiento habí­a llegado incluso antes que a ellos al rey portugués Juan II, por la llegada de Colón a Lisboa, y temí­an que se pudiese adelantar y enviar flotas hacia el occidente, pese a que no tení­a los mapas ni las rutas seguidas por las naves castellanas. También los Reyes Católicos se preocuparon mucho por los expedicionarios dejados en la isla Española en el Fuerte Navidad, por lo que se trató de retornar lo antes posible para ir en su auxilio.

De la misma manera rápidamente buscaron legitimar la anexión de estos nuevos territorios mediante la intervención, a petición real, del Papa Alejandro VI, emitiendo una bula papal el 2 de mayo de 1493 por la que Castilla era reconocida soberana de esas tierras y de todas las que descubriese y conquistase a cambio de extender la fe católica por todas ellas, siempre y cuando esas tierras no estuviesen ya ocupadas por otro prí­ncipe cristiano.

Esta bula papal evidentemente no gustarí­a nada a Portugal, que protestó, y obligó al Papa a emitir una nueva bula según la cual, y para separar las zonas de influencia de las dos potencias marí­timas, se creaba una lí­nea imaginara que conectaba ambos polos y pasaba a 100 leguas marinas al oeste de las islas Azores. Los castellanos podrí­an continuar sus conquistas a partir de esa lí­nea en dirección al occidente y los portugueses hacia el oriente.

El almirante fue confirmado en todos los cargos que le fueron adjudicados en las capitulaciones de Santa Fe, y se le sumó el de Capitán General de la escuadra que se estaba preparando, sobre la cual tendrí­a pleno y absoluto poder.

Fueron encargados de organizarla, junto con Colón, el arcediano de Sevilla don Juan Rodrí­guez de Fonseca que inauguró una oficina en la capital hispalense desde la que, junto a Francisco Pinelo como tesorero y a Juan de Soria como contador, comenzarí­an a controlar todo el mercado y negocios con las Indias. Este serí­a el germen del futuro Consejo de Indias. Paralelamente los reyes encargaron a Colón crear en La isla Española una institución similar a la Casa de Contratación creada en Sevilla y que mantuviese unos registros similares de los cargos, tripulación y municiones de cada buque. El estado querí­a controlar todo lo que entraba y salí­a de sus puertos en dirección a las Indias y todo lo que llegaba de ellas.

En tan sólo cuatro meses estaba todo preparado. Esta sí­ que era una auténtica flota de colonización. En ella junto al número de naves, 17 en total (3 carracas, 2 naos y 12 carabelas), se iban a embarcar unas 1500 personas deseosas de aventuras y llenas de esperanza de mejorar sus vidas en el, según les habí­an contado, paraí­so terrenal donde la naturaleza te brindaba todo lo que necesitases y el oro fluí­a en los rí­os.

En la tripulación se podí­a encontrar todo tipo de oficios: marinos, soldados, labriegos, herreros, albañiles, carpinteros, braceros, etc, todos ellos con sus herramientas y materiales de construcción. También llevaban vacas, caballos, yeguas, ovejas, cerdos y todo tipo de plantas. Igualmente, y por primera vez, se embarcaron mujeres y religiosos, entre estos cabe destacar a Fray Juan Pérez, primer protector de Colón en La Rábida, y al benedictino aragonés Fray Bernardo Boyl, nombrado por el papa Alejandro VI vicario apostólico de las Indias Occidentales, encargado de la tarea evangélica en los nuevos territorios.

También se embarcaron importantes personajes de la sociedad castellana como Diego Colón, hermano del almirante, el cartógrafo Juan de la Cosa, el médico sevillano Diego Álvarez Chanca, los capitanes Antonio de Torres, Pedro Margarit, Ginés de Gorbalán y Alonso de Ojeda, los oficiales Juan Ponce de León, Melchor Maldonado, Diego Velázquez, Alonso Carvajal, y un largo etcétera.

El 25 de septiembre de 1493 partió de la ciudad andaluza de Cádiz esta gran flota en dirección a las Indias Occidentales.