El Real y Supremo Consejo de Indias fue el órgano regulador de las actividades políticas, administrativas y jurídicas de Indias más importante. Entre sus funciones se encontraban la ejecutiva, legislativa y  judicial, además de la de asesorar al Rey en la toma de decisiones que afectaban a los territorios españoles de ultramar.

Desde el inicio de la conquista y colonización del Nuevo Mundo los asuntos referidos a Indias eran tratados por el Consejo de Castilla hasta que debido al aumento de la actividad llevó a ser creada en 1519 una sección especial dentro de este mismo Consejo. Y en 1524 fue separado de éste por orden del rey Carlos I fundando el Real y Supremo Consejo de Indias. Este organismo no tenía un lugar fijo en sus inicios. Se solía encontrar en donde estuviesen las Cortes en ese momento y no fue hasta que en 1561 se instaló en Madrid.

Sus miembros eran nombrados por el Rey y eran personas ilustradas y competentes en las materias en que participaban, en su mayoría antiguos funcionarios que ya habían servido en las Indias y que las conocían muy bien. Su primer presidente fue el clérigo Juan García Loaysa y Mendoza. El Consejo seleccionaba y presentaba ante el Rey a los posibles candidatos a virreyes, gobernadores, oidores, jueces, etc., que serían enviados a las Indias.

El Consejo trabajaba durante la semana y preparaba un documento denominado “Consulta” que era mostrado por el Presidente del Consejo al Rey. El monarca lo revisaba y en el margen del documento escribía su decisión final que era promulgada mediante Real Cédula y ordenada su ejecución por el mismo Consejo. También el Consejo recibía las Reales Órdenes, que eran disposiciones enviadas por el propio Rey y que tenían que ser promulgadas inmediatamente. Ambos documentos se remitían al virrey y las reales audiencias para su observancia.

Pero las funciones y estructura del Consejo de Indias no fueron uniformes a lo largo de su existencia, sino que se produjeron diversos cambios para agilizar y mejorar su funcionamiento. En el año 1600 se creó la Junta de Guerra de Indias que trataría solo sobre temas bélicos y de defensa. Y también  la Cámara de Indias en la que se gestionaba la distribución de mercedes y el nombramiento en oficios seculares y eclesiásticos con la gestión del Real Patronato por el cual se dirigía casi todos los aspectos de la iglesia indiana, tanto en la recaudación de los diezmos como en la división de las diócesis. A cambio de esta influencia la corona se obligaba a financiar los gastos del clero en su misión evangelizadora.

Los cargos que componían el Consejo de Indias eran: el presidente, un fiscal que velaba por los intereses de la corona, un Secretario del Perú y otro de Nueva España, un escribano, un gran canciller que custodiaba el Sello Real, relatores y contadores, el cosmógrafo Mayor de Indias, el cronista Mayor de Indias y el abogado de los pobres.

Funciones del Consejo de Indias:

Aunque variaron en el tiempo, el Consejo de Indias realizó múltiples tareas que le eran encargadas en función de las circunstancias del momento y de las que podemos destacar las siguientes:

Gubernativas:

• Desarrollar y proponer al Rey políticas relativas a Indias (demográficas, indígenas, comercio, etc)
• Organización administrativa del territorio.
• Proponer personas para los cargos virreinales y de todo tipo.
• Gestionar el funcionamiento de las administraciones y nombrar un Juez de Residencia.
• Revisar la correspondencia enviada desde América.
• Censura de libros.
• Regular el flujo de pasajeros a Indias.
• Vigilar la aplicación de la ley.
• Examinar y, en su caso, autorizar las propuestas legislativas recibidas de las Indias.
• Elaborar las Reales Cédulas sobre las Indias.
• Examinar todos los aspectos religiosos.
• Examinar y decidir sobre temas militares y de defensa en la Junta de Guerra de Indias, creada en 1600.
• Examinar las cuentas de los oficiales reales.

Judiciales:

El Consejo de Indias eran el más alto tribunal en América y es independiente incluso del Rey. Si bien se trató de no recargar mucho al Consejo en asuntos judiciales, tenían que ser asuntos extraordinarios o de muy alta cuantía. Al Consejo se le consideraba más importante que se dedicase a temas de gobierno.

Sus funciones judiciales principales eran:

• Ciertos asuntos criminales cometidos en la carrera de Indias, evasión tributaria o contrabando.
• Apelaciones en lo civil que superasen los 40.000 maravedíes.
• Apelaciones de los Juicios de Residencia.
• Recurso de segunda suplicación.

Pérdida de influencia

Con la llegada de los Borbones a la corona española en el siglo XVIII se crearon las Secretarias de Estado y del Despacho que asumieron gran parte de las funciones del Consejo de Indias y dejaron a esta prácticamente solo como un Tribunal Supremo para las Indias. Fue disuelto definitivamente en el año 1834 con la llegada del régimen liberal al gobierno de España.